Práctica 1: Alineamientos
• Partimos de un archivo de datos que
contiene 5 secuencias de mRNA asociado
a la CFTR archivo de prácticas
• Abrimos el ClustalX en la carpeta “Curso
de verano” del escritorio de tu PC.
• Hay la opción de usar el Clustal via web
• Cargamos el archivo de datos en la
aplicación ClustalX.
Práctica 1: Alineamientos
Práctica 1: Alineamientos
Práctica 1: Alineamientos
• La mandamos alinear sin perfil previo.
• Si aparecen gaps hay que eliminar esas
columnas.
• Por último recortamos para quedarnos con
secuencias de longitud 250.
Práctica 1: Alineamientos
Práctica 1: Alineamientos
Práctica 1: Alineamientos
Práctica 1: Alineamientos
Práctica 2: Distancias
• Usaremos el paquete webPhylip en la
dirección
http://biocore.unl.edu/WEBPHYLIP/
• Usaremos el programa DNAdist
• Hay varias opciones( Kimura, J. Cantor,
etc..)
• El resultado es una matriz que sirve de
entrada para el siguiente paso.
Práctica 2: Distancias
Práctica 2: Distancias
Práctica 2: Distancias
Práctica 3: N-J, UPGMA
• Partimos de una matriz de distancias para
calcular el árbol.
• Hay dos métodos, Fitch-Margoliash,
Neighbor-Joining
• El resultado es una tabla con los tamaños
de las ramas, un árbol elaborado con
caracteres ASCII en un archivo de texto y
un código para dibujarlo.
Práctica 3: N-J, UPGMA
Práctica 3: N-J, UPGMA
Práctica 3: N-J, UPGMA
Prática 4: Dibujar el árbol
• Se puede hacer directamente en el
paquete. El resultado sale en un archivo
ps.
• Sólo hay que darle a la opción adecuada
en la salida de la práctica anterior.
• Hay otros programas para dibujar árboles,
la entrada es el código del que ya
hablamos anteriormente.
Prática 4: Dibujar el árbol
Prática 4: Dibujar el árbol
Práctica 5: Máxima
verosimilitud
•Usaremos los como entrada de datos una
colección de secuencias alineadas sin huecos.
•El resultado será un árbol, el más verosimil.
•La entrada tiene varias opciones que
examinaremos en detalle.
Práctica 5: Máxima
verosimilitud
Práctica 5: Máxima
verosimilitud
Práctica 5: Máxima
verosimilitud
Práctica 5: Máxima
verosimilitud
Práctica 5: Máxima
verosimilitud
Práctica 6: Máxima
parsimonia
•Existen dos programas para hacer máxima parsimonia.
•La diferencia básicamente consiste en el algoritmo de búsqueda
de la solución optima en el espacio de árboles
•El procedimiento es similar a los anteriores métodos
•Lo haremos directamente sobre el programa
Práctica 7: Un poco de
experimentación
Esta práctica es un resumen de todo lo visto hasta ahora.
Se trata de hacer un árbol de filogénia para las 14 especies
citadas en el artículo
Práctica 7: Un poco de
experimentación
Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.
Práctica 7: Un poco de
experimentación
Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.
Práctica 7: Un poco de
experimentación
Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.
Paso 2: Traerlas y grabarlas en formato Fasta
Paso 3: Alinearlas con Clustal y recortarlas
Paso 4: grabarlas en formato Phyllip
Paso 5: usar el paquete Phylip para hacer los distintos tipos de
árboles y compararlos.
Práctica 8: Un poco más allá
En esta práctica se trata de comprobar la potencia de los
distintos métodos de reconstrucción a partir de una matriz de
distancias.
Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:
Paso 2: Calcular la matriz de distancias.
Paso 3: Usar esa matriz para calcular los árboles por los
distintos métodos y compararlos con el de partida.
Práctica 8: Un poco más allá
Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:
1
2
2
1
3
A
B
C
2.5
D
1
E
2.5
1.5
1
F
Matriz de distancias
A B C D E F
A 0 2 6 10 10 10
0 6 10 10 10
B
0 10 10 10
C
0 5 5
D
0 2
E
0
F
Práctica 8: Un poco más allá
Práctica 8: Un poco más allá
Práctica 8: Un poco más allá
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Práctica 1: Alineamientos