Métodos de “Cluster”: UPGMA
Los árboles filogenéticos pueden estar basados en matrices de distancias, obteniendo estas
distancias entre pares de unidades operacionales taxonómicas (OTU, las siglas en inglés).
Usando estas distancias se pueden aplicar los clásicos procedimientos de “agrupamientos”
tratados por los métodos multivariantes que nos entrega la Estadística.
A continuación graficaremos un ejemplo de método UPGMA (Unweighted Pair Group
Method with Arithmetic mean), donde las OTUs serán secuencias de ADN, y elegiremos una
región llamada HAR1 Por Katerine Pollard para los humanos y las regiones análogas para
otras especies.
desaciertos


3

K ( i , j )  ln 
4  4 ln q ( i , j )  1 
3
q (i , j ) 
frecuencia s de aciertos
longitud
sec. i con sec. j
de la secuencia
Nota: La distancia de Jukes-Cantor será explicada en extenso en los métodos de máxima verosimilitud
En efecto, rata
de alcantarilla,
repartamos
esa distancia
en partes
iguales
0.004745
0.004745
Hey, mickey mouse,
somos los que estamos
más cerca.
ey!, mouse de
laboratorio, tú
mide tu distancia
con el resto, que
yo haré lo mismo
0.00955
0.004745
0.004745
Nos
repartimos
en partes
iguales
nuestra
distancia
0.00955
De acuerdo rata
asquerosa, pero
luego
promediamos,
vale?
Me he medido con cada uno de los
“domésticos” y luego he promediado.
Lo mismo ha hecho cada
“doméstico” con el grupo de las
ratitas
0.02815
0.023405
Vaya, estamos
más cerca de
los
“domésticos
que del
hombre
0.004745
0.0186
0.00955
0.004745
0.00955
Desde este
nivel hasta
arriba nos
hemos
repartido en
partes iguales
la distancia
0.0858
Promediamos la
distancia de
cada uno de
nuestro grupos
con el
“humanito” ese
0.0577
Hurra! Según la
Katherine Pollard,
este segmento es
el que “nos hace
humanos”
0.02815
… y como antes,
nos repartimos en
partes iguales esa
distancia
0.023405
0.00955
0.004745
0.004745
0.00955
Problemitas
Realice un árbol mediante la distancia de Juker y Cantor.
Realice un árbol mediante la distancia de “desencuentros”
Solución problema 1
Solución problema 2
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