RESULTADOS
• La mayoría de los resultados difieren entre
ellos por menos de 1 Å de la desviación de
la raíz media cuadrada (rmsd) entre los
resultados los cuales fueron agrupados en
clusters.
• De 100 corridas 12 clusters  DB3
 2 clusters  AN02.
• El docking NC68 fue echo en cuatro
diferentes formas: usando el complejo (c), si
el complejo (u), entre el anticuerpo y
ligando, flexible (f), rígido (r).
• Para el cado de NC68, de los cuarenta
clusters, fueron obtenidos 18 para cr, 30 uf,
13 ur.
• Sólo se muestran 5 clusters en la tabla de
resultados.
• En el caso del ligando flexible, es la suma
de E intermoleculares e intramoleculares,
calculado de las energías electrostáticas de
Van der Waals.
• La rmsd, es la desviación de las posiciones
de unión, se aplicó la simetría de Auto Dock
para valores altos
• La columna de rmsd es complementada por
otro indicador de calidad, el cual muestra
cuántos de los residuos del anticuerpo son
reproducidos por el docking.
• Para el caso de largos grandes valores de
rmsd, esto ayuda a juzgar si la desviación de
un cambio de orientación es en el mismo
sitio de unión o en una posición alternativa
sobre la superficie del anticuerpo.
• En el caso de AN02, mas de la mitad de las
corridas reproducidas por rayos X resultó y
son correctamente valoradas con la mejor
energía.
• Sólo una posición alternativa es encontrada.
Esta posición a pesar de tener los anillos
aromáticos ubicados exactamente en el
mismo plano, dos de sus substituyentes son
intercambiados.(*)
• Para el caso de DB3, la mejor energía de
docking corresponde al resultado con menor
rmsd.
• En el caso de NC6.8 (usando la estructura
complejada del Anticuerpo), resulta una
puntuación alta (cluster 1) que en los otros
resultados, esto se aplica a ligandos rígidos
y flexibles. Sin embrago la frecuencia de la
ocurrencia es menor en ambos caso.
• En el caso de NC6.8 (usando la estructura
no complejada del Anticuerpo), provee una
interesante evaluación en los casos más
comunes de docking, donde la proteína no
unida es disponible.
• Esto refleja el docking de los ligandos
rígidos nunca entran al sitio de unión tan
profundamente como lo experimentalmente
observado.
• Comparando los otras formas (cf, cr, uf), la
energía de docking es de hecho
significantemente baja.
• Se obtuvo una mejor calidad cuando se dio
el docking del ligando flexible a una
estructura no acomplejada.
DISCUSION
• El test mostró ser capaz de reconstituir las
estructuras a partir de rayos X de los
complejos anticuerpo-ligando y sus
componentes.
• Esto quizás sea como un buen indicador de
un poder discriminativo de la función de la
energía.
• El mejor resultado fue obtenido para AN02.
• En el caso de DB3 muestra una diferente
arquitectura de sitio de unión, el cual no es
tan profundo y presenta ciertas
inespecificidades con respecto al anterior.
CONCLUSION
• Los métodos docking son valorados como
instrumentos para analizar interacciones
anticuerpo ligando.
• Los mismo se da para los programas
AutoDock.
• El docking flexible no sólo es necesario
para el ligando sino también para el
anticuerpo
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