Biocinves 09
Departamento de
Ingeniería Genética
CINVESTAV
Unidad Irapuato
3 de junio 2009
Departamento de Ingeniería Genética
Interacción planta – patógeno
y relaciones mutualistas
Estudios Genéticos
y Epigenéticos
Genómica y
Biología Sintética
Metabolómica
y Proteómica
Biotecnología, Cultivo de Tejidos
y Transformación Genética
CINVESTAV
Unidad Irapuato
Depto. de Ingeniería Genética
Biocinves 09
10/2/2015
Departamento de Ingeniería Genética
Interacción planta – patógeno
y relaciones mutualistas
Ariel Alvarez
Martin Heil
Rafael Rivera
José Ruiz
Laura Silva
CINVESTAV
Unidad Irapuato
Depto. de Ingeniería Genética
Biocinves 09
10/2/2015
Ariel Alvarez
Bacteriología molecular
[email protected]
• Modelo: Pseudomonas syringae
pv. phaseolicola, causante del
“Tizón de halo del frijol”
• Biología molecular de la interacción Planta-Bacteria
• genes de patogenicidad
• señalización en la síntesis de faseoltoxina y otros metabolitos
secundarios
• Biología molecular de la síntesis de fitotoxinas
• regulación de los genes que hemos identificado implicados en la
síntesis de la faseolotoxina
argK
P
PK
argK
PA
A
B
C
PM
phtD
D
E
phtA
F
G
H
desI J K
L
PL
phtL
phtM
M
N
O
P
amtA
Q
S
T
U
V
José Ruiz Herrera
[email protected]
Desarrollo y diferenciación
de hongos
Modelos: Ustilago maydis
Yarrowia lipolitica
Candida albicans
• Estructura y síntesis de la pared de los
hongos (quitina, glucana sintasas).
• Bases moleculares de la diferenciación
y morfogénesis de los hongos.
• Función del metabolismo de las
poliaminas en la diferenciación fúngica.
Martin Heil
[email protected]
Resistencia inducida de Frijol
• Comunicación entre
plantas por volátiles
• Resistencia
contra bacterias
fitopatógenas
Planta
expuesta a
volátiles
Planta
control
• Resistencia activada
contra plagas naturales
Rafael Rivera
Virología Vegetal
[email protected]
Modelo: los geminivirus
• Caracterización de plantas
resistentes
• Estudio de recuperación a la infección
• Silenciamiento mediado por RNA
recuperado
síntomas
Susceptible
Resistente
• Localización de geminivirus por
hibridación in situ
• Sinergismo entre geminivirus
PepGMV
PepGMV
+ PHYVV
• Análisis del transcriptoma de planta infectada por pirosecuenciación
PHYVV
Laura Silva
[email protected]
Interacciones Planta -Virus
Modelos: los potyvirus
• Distribución, diversidad y
evolución de algunos
potyvirus de importancia
agrícola en México
• Interacción de proteínas
virales con proteínas del
hospedante
• Virus en la nanotecnología
Departamento de Ingeniería Genética
Estudios Genéticos y Epigenéticos
Raúl Alvarez
Plinio Guzmán
Gertrud Lund
June Simpson
CINVESTAV
Unidad Irapuato
Depto. de Ingeniería Genética
Biocinves 09
10/2/2015
Raúl Alvarez
[email protected]
Cromatina y Epigenética
• Estructura y función de la cromatina
• Mecanismos epigenéticos de la
expresión génica
• Estructura y función de genes de la
familia Trithorax
• Dinámica de su expresión génica en
relación a modificaciones posttranscripcionales
• RNA de interferencia
• Filogenética y evolución.
Plinio Guzmán
[email protected]
Regulación postranscripcional
en plantas
• Análisis funcional de ubiquitin-ligasas
D-Ubs
Ub
target
? Ubiquitin-ligaseE2
81 ATLs
proteasom
e
• Regulación por la interacción entre PABPs y CIDs
8 PABPs
CIDs
13
CIDs
?
Arabidopsis thaliana
62 .1%
44. 6%
63 .5%
49. 3%
39 .5%
Gertrud Lund
[email protected]
• Identificar ”hot spots” epigenéticos en el
genoma de maíz (i.e. cambios en la
metilación):
en plantas genéticamente idénticas bajo
condiciones normales y de estrés
• El papel de la nutrición temprana en el
desarrollo de enfermedades
cardiovasculares.
• Efectos de los ácidos grasos en la diéta
sobre patrones de metilación en la sangre
de bebes, ratones y cultivos celulares
humanos
Epigenética
[email protected]
0.50
0.63
0.75
0.88
Similaridad
35 A. tequilana ’Azul’ UNAM
1 A. tequilana ’Azul’ Arandas, Jalisco
2 A. tequilana ’Azul’ Romita
3 A. tequilana ’Azul’ Silao
7 A. tequilana. ’Azul’ Sauz de Molina, Pénjamo
9 A. tequilana ’ Sigüin’ Tequila, Jalisco.
16 A. tequilana ’Manso’ La Golondrina, Pénjamo
17 A. tequilana ’Listado’ Tequila, Jalisco
18 A. tequilana ’Listado’ Tequila, Jalisco
4 A. tequilana ’Azul’ Abasolo
15 A. tequilana ’Hoja Delgada’ Tequila, Jalisco
13 A. tequilana ’Pata de Mula’ Tequila, Jalisco
12 A. tequilana ’Bermejo’ Tequila, Jalisco
11 A. tequilana ’Chato’ Churipitzeo, Pénjamo
10 A. tequilana ’Chato’, Tequila, Jalisco
8 A. tequilana ’Azul’ Huanímaro
6 A. tequilana ’Azul’ Churipitzeo, Pénjamo
5 A. tequilana ’Azul’ Magallanes, Pénjamo
1.00
• Regeneración in vitro y transformación
• Análisis de genes involucrados en
la acumulación de fructanos en la
piña
• Análisis del transcriptoma de Agave
para identificar y caracterizar genes
involucrados en la floración y cambios
en desarrollo
• Análisis de diversidad en
poblaciones de Agave utilizando
marcadores moleculares
Análisis genético molecular
en Agave
June Simpson
Departamento de Ingeniería Genética
Biotecnología, Cultivo de Tejidos
y Transformación Genética
Neftalí Ochoa
Alba Jofre
Miguel Gómez
CINVESTAV
Unidad Irapuato
Depto. de Ingeniería Genética
Biocinves 09
10/2/2015
Alba Jofre
[email protected]
Cultivo de Tejidos y Transformación
Genética de Plantas
• Micropropagación de fresa a partir de
meristemos: mejoramiento genético
(INIFAP)
• Regeneración y transformación genética
de fresa y de maíz (núcleo y cloroplasto)
• Vectores de transformación genética de
cloroplasto
• Genes de interés:
• Fresa: tolerancia a hongos y a
herbicidas
• Maíz: tolerancia a Lepidópteros y
herbicidas
• Bioseguridad en las liberaciones de
OGMs
Miguel Gómez
[email protected]
Plantas Tropicales y Salud Humana
• Mejoramiento de plátano, aguacate y melón por
biotecnología para aumentar calidad del fruto y
conferir resistencia a plagas
• Producción de compuestos biofarmacéuticos
en plantas (jitomate, tabaco, zanahoria):
• antígenos de Rotavirus, Rabia, Virus del
papiloma, hepatitis B,C,E, cólera, Virus del
Newcastle, Influenza aviar
• Partículas tipo virus de Herpes producidas en plantas
Metionina
ACC sintasa
ACC oxidasa
C2H4
Departamento de Ingeniería Genética
Metabolómica y Proteómica
Edmundo Lozoya
Magdalena Segura
Axel Tiessen
CINVESTAV
Unidad Irapuato
Depto. de Ingeniería Genética
Biocinves 09
10/2/2015
Edmundo Lozoya
[email protected]
Bioquímica y Biología Molecular de
Productos Naturales de Plantas
• Caracterización molecular de la biosíntesis
de sustancias de defensa de plantas ante el
ataque de patógenos
• Caracterización molecular de las sustancias
farmacológicamente activas de plantas
medicinales mexicanas
• Producción de etanol a partir de residuos
agroindustriales.
• Producción de aceite a partir de algas.
• Producción de nutracéuticos derivados de
la fresa
Proteínas de semillas
y Citoesqueleto
Magdalena Segura
[email protected]
Northern blot utilizando como sonda los extremos 3
ÕUTR
de los genes de actina de ma
’ z ZmACT1, ZmACT81 y
ZmACT87
1 2
• Expresión diferencial de los
genes de actina en tejidos
reproductivos y durante la
formación del grano de maíz
3 4 5 6 7 8
ZmAct1
ZmAct81
1)
Antera inmadura
2)
ī v ulo
3)
Endospermo de 25 DAP
4)
Endospermo de 30 DAP
5)
Endospermo de 35 DAP
6)
Embri —n de 25 DAP
7)
Embri —n de 30 DAP
8)
Embri —n de 35 DAP
Bromuro de Etidio
ZmAct87
Bromuro de Etidio
Péptidos bioactivos de Amaranto vs
hongos fitopatógenos
• Detección de marcadores
moleculares relacionados con la
calidad nutricional de los granos de
los maíces criollos y de variedades
comerciales
Controles
P1
P2
• Péptidos bioactivos de amaranto
contra hongos fitopatógenos
P3
2
5
10 mg
Axel Tiessen
[email protected]
Metabolómica y
Fisiología Molecular de Plantas
• Metodologias innovadoras de mejoramiento
genético. Calidad nutricional del maíz.
Tolerancia a sequía.
• Regulación del metabolismo primario.
Señalización por azucares.
• Distribución del carbono en tejidos fuentedemanda. Interconversiones sacarosa-almidón
• Ingeniería metabólica. Optimización de la
fotosíntesis.
• Biomasa y biorefinación. Lignocelulosa.
Departamento de Ingeniería Genética
Genómica y Biología Sintética
Agustino Martínez
Gabriela Olmedo
CINVESTAV
Unidad Irapuato
Depto. de Ingeniería Genética
Biocinves 09
10/2/2015
Agustino Martínez
Biosistemas
[email protected]
• Biología Teórica
• Análisis estructural y funcional de la red de
regulación transcripcional en bacterias modelo
(E. coli, B. subtilis y P. aeruginosa)
• Evolución molecular de genomas de
enterobacterias
• Genómica experimental (E. coli)
• Análisis dinámico de las estructuras
topólogicas (cascadas, switches, circuitos) en la
red de regulación entre factores de transcripción
• Biología Sintética
• Rediseñar y ensamblar un genoma de E. coli que
contenga los genes de Buchnera (endosimbionte
estricto) y habilitación a vida libre
• Estudio de un sistema genético mínimo
replicativo en micelas sintéticas
320 genes
http://ingenbiosistemas.wordpress.com
Gabriela Olmedo
[email protected]
• Estudio evolutivo y genómico de
bacterias de ”Cuatro Ciénegas”,
Coahuila: adaptaciones evolutivas de
estas bacterias a condiciones
nutricionales extremas.
• Estudio de proteínas involucradas en
el metabolismo de RNA.
• Análisis evolutivo de las RNA
helicasas en Firmicutes
Genómica bacteriana
Biocinves 09
Departamento de
Ingeniería Genética
CINVESTAV
Unidad Irapuato
3 de junio 2009
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