TALLER 1
INTRODUCCION AL MOE
Bioinformática Estructural
Bioinformática II (Maestría en Bioinformática)
Setiembre 2011
Prof. Asistente Gustavo Silva
SOBRE LA MAQUINA VIRTUAL (VM)
• En escritorio Windows: Icono Vmware Player
• Ubicarse en disco local (E:)
E:|Vmware|suse|suse|suse. Se despliega el
escritorio de la VM.
• Para entrar en la VM: Ctrl+G o click en el cuadro
de la máquina.
• Para salir de la VM: Ctrl+Alt
• Recomendación: no maximizar la ventana de
MOE. De lo contrario hay que entrar y salir
permanentemente de la VM.
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MOE WINDOW - versión 2009.10
Existen algunas diferencias entre versiones
pero las funciones básicamente son las mismas.
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SOBRE “TALLER.1.2.3.MOE Intro_2006.pptx”
CONVENCIONES UTILIZADAS
• MOE| MOE main window
• DBV| Database Viewer
• SE| Sequence Editor
• RHS| Right Hand Side Button Bar
• svl> Línea de comandos SVL (Scientific
Vector Language)
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• Conviene definir el directorio de trabajo (se
cambia con Set CWD) para no tener que recorrer
el sistema de archivos cada vez.
• Para crear un nuevo directorio mientras se
guarda un archivo usar el botón MkDir.
MOE|File|Save|MkDir|nombrar nuevo
directorio.
De vuelta en el cuadro de diálogo save:
Set CWD (Current Working Directory)
• Todo lo que se haga de ahora en más quedará en
el nuevo directorio.
• Cuidado: Las modificaciones en la bases de datos
se guardan simultáneamente en el disco. No hay
UNDO.
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EJERCICIO 1: Construir moléculas y
salvarlas como *.moe y como *.dbv
• De la ventana de MOE abrir el BUILDER.
• Dibujar la siguiente molécula (isómero R):
• Dibujar primero el anillo aromático central y
agregar luego los átomos o grupos unidos a él.
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• Salvarlo como molecula1.moe
MOE|File|Save| guardar con el nombre
molecula1.moe. Si no cambié el directorio
de trabajo lo tengo que buscar.
Save: Molecule
Format: MOE Molecule File
Automatic Extension
Save
• Cerrar.
MOE|Close
• Volver a abrirlo.
MOE|File|Open|molecula1.moe
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• Manipular el gráfico
Girar, hacer Zoom, Seleccionar/Deseleccionar.
MOE|Render|Atoms (MOE|Render)
seleccionar tipo de representación (line, stick, ball
& line, ball & stick, space filling), color, etiquetas.
Seleccionar un átomo y luego:
MOE|Selection|Extend|ver opciones
(MOE|RHS|Extend|ver opciones)
Con un grupo de átomos seleccionado:
MOE|Render|Atoms|Stick
(MOE|Render|Stick)
Doble click en un átomo: abre ”Atom Manager”
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• Guardarlo en una base de datos “molec.mdb”
MOE|File|New|Database
Asignar el nombre de la base: molec.mdb
En Field:
Type: molecule - Name: mol
Type: int - Name: num.molec.
OK
Se despliega el DBV
DBV|Edit|New|Entry (DBV|Entry|Add Entry)
Al dar OK aparece una nueva entrada y se incluye en
el campo “mol” lo que esté en la pantalla MOE.
Click en la celda a llenar o modificar habilita a escribir
el contenido en la linea superior (1).
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• Modificar la base de datos generada
DBV|Edit|New|Field (DBV|Field|Create)
Type: char – Name: nombre.molec – Value: molecula1
OK
• Pasar la molecula a MOE
MOE|Close
DBV|Click-derecho-en-lamolecula|Send-To-MOE (Copy-To-MOE)
• Modificarla y ponerla como nueva entrada
MOE| modificar la molecula con BUILDER
DBV| agregar nueva entrada y luego: Clickderecho-en-campo-mol|Copy-from-MOE
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EJERCICIO 2: Visualizar y manipular
proteínas. Usar el e investigar el SE.
• Abrir un archivo *.pdb de muestra
MOE|File|Open|pull-down-menu
$MOE/sample/mol/
• Seleccionar una proteína cualquiera (.pdb).
• Manipular el gráfico con el mouse. Seleccionar
átomos y residuos. Extender. Invertir. Mostrar
hélices-a y hojas-b con: MOE|Render|Ribbon
(Render|Backbone|Cartoon).
• Abrir el SE y sincronizar con MOE Window:
MOE (o SE)|Selection|Synchronize.
• Seleccionar algunos aminoácidos. Utilizar los
menúes Display, Measure y Select.
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Introducción Moe