Química Medicinal
Introducción
Ph.D. Randolph Alonso
Empleo de herramientas computacionales
Desarrollo de novedosos fármacos.
Empleo de herramientas de síntesis
orgánica
Desarrollo de novedosos fármacos.
Debemos recordar
Desarrollo de estrategias para la
síntesis de novedosos fármacos
Farmacóforo
Elemento estructural de un fármaco,
llámese grupo o grupos funcionales,
que le permite a la molécula ejercer la
actividad biológica deseada sobre un
receptor específico, la remoción de este
elemento conduce a la perdida de la
actividad biológica.

Hyperchem. Página principal de Hypercube, Inc. desde donde se puede bajar una versión de evaluación de 30 días de Hyperchem 7.5.
http://www.hyper.com/

MDL® ISIS/Draw 2.5. Página principal de la compañía MDL. Desde la sección Download No-Fee Software se pueden bajar
gratuitamente varios programas interesantes. Necesita registrarse on-line.http://www.mdli.com/

ChemSketch 5.0. Programa de dibujo y visualización de structuras moleculares, presenta una importante función que nombra según la
IUPAC a los compuestos dibujados. Necesita registrase on-line
http://www.acdlabs.com/download/.

Mecánica Molecular (MM) y Campos de Fuerza (FF).
Características de distintos campos de fuerza: CHAMOT LABS, Inc.
Campo de fuerzas MM2 (Sobre el que se basa MM+).
Allinger, N.L. MM2. A Hydrocarbon Force Field Utilizing V1 and V2 Torsional Terms. J. Amer. Chem. Soc. 1977, 99: 8127-8134.
http://europa.chem.uga.edu/
Campo de fuerzas AMBER.
(Parámetros de1998 implementados en Hyperchem).
Weiner, S.J.; Kollman P.A.; Case, D.A.; Singh, U.C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, Jr. S. and Weiner, P. A New Force Field for
Molecular Mechanical Simulation of Nucleic Acids and Proteins . J. Amer. Chem. Soc. 1984, 106: 765.
http://www.amber.ucsf.edu/amber/amber.html
Campo de fuerzas CHARMM. (Sobre el que se basa BIO+).
Brooks, B.R.; Bruccoleri, R.E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; and Karplus,M. CHARMM: A Program for Macromolecular
Energy, Minimization, and Dynamics Calculations. J. Comp. Chem. 1983, 4: 187-217. http://www.amber.ucsf.edu/amber/amber.html
Campo de fuerzas OPLS.
(Parámetros implementados en Hyperchem).
Jorgensen, W. L. and Tirado-Rives, J. The OPLS Potential Functions for Proteins. Energy Minimization for Crystals of Cyclic Peptides
and Crambin. J. Am. Chem. Soc. 1988,110: 1657-1666.
Mecánica Cuántica (QM).
Características de métodos semiempíricos: CHAMOT LABS, Inc
Bases de datos Chemfinder.cambridgesoft Protein Data Bank (PDB)
Evolución de los Métodos de búsqueda y
descubrimiento de nuevos fármacos
Ph.D. Randolph Alonso
Descubrimiento tradicional de un
nuevo prototipo o cabeza de serie
 Metabolitos secundarios de plantas
Descubrimiento tradicional de un
nuevo prototipo o cabeza de serie
 Metabolitos secundarios de Mamíferos
 Vitaminas
 Antibióticos
Descubrimiento accidental
 Síntesis
 Fármacos Conocidos (muy importante)
Descubrimiento de cabeza de serie
en la actualidad.
 Síntesis de benzodiazepinas en fase sólida
 Etapas del desarrollo de un fármaco
Investigación básica prototipo-mecanismo de acción
Desarrollo preclínico perfil Farma-Toxi-ADME
Desarrollo clínico fase I, II, III post- comercialización IV
Dianas Biológicas receptores
 Curvas dosis repuesta
Agonista, antagonista y agonistacompetitivo
Tipos de receptores
 Localización de las dianas y acontecimientos
 Canales iónicos
 Receptores con actividad tirosina cinasa
 Proteina G
Aspectos físico- Químicos relacionados con las
interacciones Fármaco receptor
 Electrostáticas
 Ion-Ion
 Ion dipolo
 Dipolo-dipolo
 Polarización
 Transferencia de carga
Aspectos físico- Químicos relacionados con las
interacciones Fármaco receptor
 Fuerzas no polares
 Van der Waals
 Fuerzas basada en la entropía
Estereoquímica D-R
EQ-AB
 Farmacóforo





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

Simplificación de un prototipo
Asociación de moléculas
Replicación moduladora
Criterios clásicos Homologa y ramificación de
cadenas
Introducción de grupos aromáticos como
antagonistas
Apertura o cierre de anillos
Vinilogia
Bioisosterismo
Blancos Terapéuticos
Resistencia puede ser Revertida

Como es el caso de la CQ, que con un antihistamínico
antagonista de H1, ejemplo: Clorfeniramina, Prometazina, esta droga
se administra como antihemético, para prevenir o aliviar el prurito,
efecto secundario de la CQ.
Resistencia puede ser Revertida

También se utiliza combinaciones de dos drogas (Fansidar),
que es un antifolato, como un revertidor de resistencia de la CQ.
Resistencia puede ser Revertida

Otro ejemplo de revertidores de resistencia es de un
antihipertensivo (Verapamil®)
Muchas gracias
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