Programa de formación
Resultados de la investigación en ciencias de la salud: el proceso
de publicación y el acceso abierto
Introducción crítica al acceso abierto
(Open Access, OA)
Remedios Melero. Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos. CSIC,
Valencia, España
Alicia López Medina. UNED, Madrid, España
Programa de formación
Open access
• Orígenes
• Significado
• Implicaciones
• Más allá del acceso
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Cronología del OA
Timeline-Open access directory.http://oad.simmons.edu/oadwiki/Timeline
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¿Open Access?
Acceso libre sin restricciones a través de internet a la
literatura científica.
“Open-access (OA) literature is digital, online, free of charge, and
free of most copyright and licensing restrictions” (Suber, 2006).
Nueva matización……( ver “Gratis and libre open access”
http://www.earlham.edu/~peters/fos/newsletter/08-02-08.htm )
GRATIS
Se eliminan las
barreras
económicas
LIBRE
Se eliminan las barreras
económicas y al menos
algunas derivadas de los
derechos de explotación
(copyright)
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Programa de formación
Open access
• No implica bajar el listón de la calidad de los recursos en acceso abierto
• No está reñido con las leyes de copyright
• Los trabajos publicados en revistas OA pasan por los mismos sistemas
de evaluación (peer review) que el resto
Programa de formación
Argumentos a favor del acceso abierto
• Facilitar el acceso abierto al conocimiento reduce esfuerzos al evitar
duplicaciones
• Se rompen barreras entre países pobres y ricos
• La investigación llega a mayor audiencia, las instituciones ganan reputación
debido al aumento de al visibilidad de sus investigadores y profesores
• Aumenta el impacto de los trabajos debido a esa mayor visibilidad
• Se recupera parte de lo invertido en la financiación de proyectos de
investigación
• Aumenta el impacto de las publicaciones…..favorable también para las
editoriales
•El sociedad en general también puede participar en el compartir
Programa de formación
Altruismo
Visibilidad
Avance de la ciencia
Aceleración
Impacto
Compartir y
reutilizar
Aprovechamiento
de recursos
(ahorrro)
Acceso gratuito
Programa de formación
Los repositorios permiten el
alojamiento de cualquier
recurso, siempre que esté en
formato digital
El objeto digital
El acceso a estos recursos
Es sólo la punta del iceberg
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• Compartir
• Preservar
• La interoperabilidad
• La web semántica
Permiten generar servicios y nuevos
productos a partir de ellos
Programa de formación
• Recursos
• Políticas
• Colaboración entre agentes implicados
• Implementación de servicios
éxito
E-ciencia
Programa de formación
Obstáculos a este éxito
• Inercia al estatus quo
• Mecanismos clásicos de evaluación y valoración profesional muy arraigados
en la comunidad científica
• Miedo al plagio
• El sistema de peer review es intocable
• La calidad de los recursos
• El tiempo necesario
•Temas de derechos (copyright)
Programa de formación
El sistema de la
comunicación de la
ciencia está cambiando
pero más despacio de
lo esperado
Peeero…el
acceso abierto es
una oportunidad
para todos
Programa de formación
No todas las comunidades científicas se comportan de igual
manera……..
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Programa de formación
Bjork B-C, Welling P, Laakso M, Majlender P, Hedlund T, et al. (2010) Open Access to the
Scientific Journal Literature: Situation 2009. PLoS ONE 5(6)
Programa de formación
Algunas medidas para acelerar el avance del OA
Promoción
del cambio
Del impacto cuantitativo a la valoración cualitativa
No sólo importa el peso de las citas (impacto), sino qué trabajos
se citan y la calidad de los mismos (prestigio)
Creación de
valores añadidos
Al propio recurso
A la institución
Iniciativas para la
compartir datos
NIH’s Public Access Policy. Elias A. Zerhouni, M.D. Director
Subcommittee on Courts, the Internet, and Intellectual Property. 145th Meeting of the
National Cancer Advisory Board February 5, 2008
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Programa de formación
Casos………
Valor añadido,
resultado de data
mining
Programa de formación
Localización en
bases de datos de
genes, proteínas,
especies y
compuestos
químicos
Programa de formación
En las ciencias de la salud el acceso abierto a la producción científica
todavía resulta más relevante el compartir los datos de investigación
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Programa de formación
Aumentar la
disponibilidad de los
datos de la
investigación
Para acelerar los
avances científicos
en salud pública
Programa de formación
The complete list of signatories to the joint statement of purpose is:
Mark Walport, the Wellcome Trust, UK
Paul Brest, The Hewlett Foundation, USA
Warwick Anderson, National Health and Medical Research Council, Canberra, Australia
Alain Beaudet, Canadian Institutes of Health Research, Ottawa, Canada
Paul Boyle, Economic and Social Research Council, Swindon, UK
Carolyn M Clancy, Agency for Healthcare Research and Quality, Rockville, USA
Francis S Collins, National Institutes of Health, Bethesda, USA
Thomas R Frieden, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, USA
Ed Henry, Doris Duke Charitable Foundation, New York, USA
Pamela S Hyde, Substance Abuse and Mental Health Services Administration, Rockville, USA
Matthias Kleiner, Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), Bonn, Germany
Tamar Manuelyan Atinc, The World Bank, Washington DC, USA
Robin Olds, Health Research Council of New Zealand, Auckland, New Zealand
John Savill, Medical Research Council, London, UK
André Syrota, INSERM, Paris, France
Mary K Wakefield, Health Resources and Services Administration, Rockville, USA
Tachi Yamada, Bill and Melinda Gates Foundation, Seattle, USA
Programa de formación
To address these issues, the funders set out three core principles in the statement that underlie
their commitment to data sharing. They agree to increase access to and use of data in ways that
are:
Equitable: recognising and balancing the needs of researchers who generate and use data,
other analysts who might want to reuse those data, and communities and funders who expect
health benefits to arise from research
Ethical: protecting the privacy of individuals and the dignity of communities, while respecting
the imperative to improve public health through the most productive use of data
Efficient: always sharing data in a way that improves the quality and value of research and
increases its contribution to improving public health - adopting approaches that are
proportionate, build on existing practice and reduce unnecessary duplication and competition.
The funders recognise that there are significant challenges that will need to be overcome to
build the culture and resources necessary to support data sharing. The statement identifies
immediate and longer term goals to address these issues.
• Capacity and skills
• Culture and incentives
• Infrastructure and tools
Programa de formación
Partes implicadas en el acceso abierto…..
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Programa de formación
El acceso abierto va más allá de la comunidad científica…..
La sociedad
www.taxpayeraccess.org
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Programa de formación
Los estudiantes
http://righttoresearch.org/
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Programa de formación
A coalition of national and campus student organizations has released the
Student Statement on The Right to Research:
…
Learning and inquiry are impeded when scholars lack access to
fellow researchers’ work, and when students lack access to the work
of scholars before them.
At the same time, digital technologies have opened new opportunities for
research. New tools facilitate faster discoveries, speed the development of
new technologies, and accelerate the progress of science. Patients could
have access to the latest medical research, citizens could evaluate
scientific information on environmental impacts, and developing countries
could apply the most recent scholarship to public health and development
efforts. But access barriers leave these opportunities under-explored. …
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Programa de formación
En resumen
El acceso abierto supone:
• Algo mas que exponer públicamente publicaciones o datos
• Poder compartir
• Poder reutilizar
• Poder crear servicios a partir de los recursos compartidos
• Los recursos OA han de ser intercambiables e interoperables,
lo que conduce a la idea de la e-ciencia a través de la einfraestructura
Programa de formación
E-ciencia/e-investigación
– Uso intensivo de las herramientas
computacionales
– Entornos distribuidos en red
– Uso intensivo de los datos
– En colaboración
– Comunidades de investigación virtuales: sin
fronteras geográfica, de tiempo o institucionales
Avanzando la
investigación global a
través de la tecnología y
compartiendo los datos y
el conocimiento
Para ser usados: Leer, procesar, visualizar, reutilizar, compartir,
analizar, minería de datos, a través de disciplinas, en entornos de
colaboración, en red, en acceso abierto
Representación
interactiva global,
del conocimiento
(operable por las
máquinas)
En todas las fases
del ciclo completo
de la investigación
científica
Los contenidos accesibles libremente,
sin restricciones y de forma permanente
a través de Internet
e-Infrastructura implementation
user communities
virtual labs
Data: sharing and federating scientific data
middleware
network
Thanks to Mario Campolargo
Programa de formación
• “Con el fin de hacer realidad la visión de una representación
global y accesible del conocimiento, la futura Web tiene que
ser sostenible, interactiva y transparente. El contenido y las
herramientas de software deben ser libremente accesibles y
compatibles”
• “Una versión completa del trabajo […] se deposita […] en por
lo menos un repositorio online, que utilice estándares
técnicos adecuados […] que busque la implementación del
acceso abierto […] interoperabilidad […]”
Declaración de Berlín, 2003
Programa de formación
Acceso Abierto (a las personas)
(se refiere a una propiedad de los
contenidos)
‘sus contenidos están
accesibles libremente, sin
restricciones y de forma
permanente a través de
Internet para ser usados”
Interoperabilidad (acceso abierto a
las máquinas)
(se refiere a una propiedad del propio
sistema)
“… que puede intercambiar
procesos, servicios o datos
con otros sistemas de manera
que puedan trabajar juntos de
forma eficiente”
Programa de formación
El nuevo objeto científico
Programa de formación
Flujos globales de información
U R I-10
S ervice-B
Graph ite O ve rlay Fragm e n t
T yp eU R I-3
U R I-3
Ty
U
pe
T yp
R
I-
2
U R I-9
T
T yp eU R I-4
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U R I-4
U R I-5
1
R IT yp eU R I-5
T yp
yp
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I -7
U R I-8
8
U R I-7
U R I-6
U R I-1
LA N L
R e po s i t o r y
F ed ora
arX iv
D ocum ent
Cornell/LANL Pathways Project
Gr id da t a se t
W e b r e so ur c e
Im age O bject
La propagación mundial de la gripe aviar H5N1
exigía que los científicos de diferentes campos
de experiencia tuvieran pleno acceso a la
secuencia genética completa, y a los datos
clínicos y epidemiológicos de los animales y el
virus de las cepas humanas.
Global Inititative on Sharing Avian
Influenza Data (GISAID)
•
Los datos se depositan en las tres
bases de datos públicas que
participan en el proyecto (EMBL,
DDBJ and GenBank) tan pronto
como sea posible después del
análisis y validación, en un plazo
máximo de seis meses
"Nuestro entendimiento es que el
progreso científico será más
rápido e innovador si se dispone
de datos fácilmente accesibles a
todos los investigadores en las
comunidades que investigan la
gripe, crean herramientas de
diagnóstico, tratamiento y
prevención "
Ilaria Capua, Berlin 5 Open Access
http://hdl.handle.net/10760/10882
Programa de formación
Semantic Web for Health Care and Life Sciences Interest Group
La misión de HLC es desarrollar, promover y apoyar el uso de tecnologías de
Web Semántica para
 Ciencias Biológicas
 Medicina Traslacional
 Cuidado de la salud
Estas áreas pueden obtener enormes beneficios mediante la adopción de
tecnologías de Web Semántica, ya que dependen de la interoperabilidad
de la información de diferentes ámbitos y procesos para apoyar las
decisiones eficientes
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W3CHCLS Grupos de trabajo
 BioRDF – federación de bases de datos de
neurociencias
 Interoperabilidad de Observaciones clínicas
 Linking Open Drug Data
 Ontología de Medicina Translacional –
 Discurso Científico
Programa de formación
Linking Open Drug Data
(LODD)
Relacionar diferentes fuentes de
datos de medicamentos para
responder a interesantes
preguntas de carácter
científico y empresarial
Programa de formación
El discurso científico estructurado
Parece esencial que, si queremos permitir que los
ordenadores ayuden a los científicos a dar sentido a
las vastas colecciones de trabajos de investigación,
tenemos que desarrollar formas de identificar los
principales
componentes
argumentales,
sus
conexiones y las conexiones a sus pruebas
correspondientes a través del espacio y el tiempo, y
presentar estos elementos conectados redes de
conocimiento a los usuarios.
Programa de formación
Programa de formación
Neurocommons.org
• Un proyecto de ScienceCommons
• Trabajando con artículos de acceso abierto de BioMed Central y PLoS
• En colaboración con los principales hospitales de investigación,
infraestructura de neurociencia, W3HCLSIG, editoriales de Acceso Abierto
• Un intento de definir las mejores prácticas / estándares para el
enriquecimiento semántico de los artículos: grafo (RDF) de dominio
público de los hechos neurológicos construido sobre el Acceso Abierto y
bases de datos públicas.
• Tanto la minería de datos como herramientas mejoradas de edición
tienen un papel en el proyecto.
• Construyendo sobre los beneficios del Acceso Abierto
Programa de formación
• El Acceso abierto entonces:
- Permite el acceso universal al conocimiento
- El acceso abierto implica también a las máquinas
(interoperabilidad)
- Fuera las islas de información
- Permitir que las máquinas y las personas puedan
reutilizar ese conocimiento de manera que se
puedan hacer cosas interesantes, útiles y nuevas
(afrontar los retos globales de nuestro mundo)
Programa de formación
¿??
Reme
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Alicia
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Reme Melero, Alicia L. Medina: Introducción crítica