Prácticas TPP
Salvador Martínez de Bartolomé
[email protected]
Bioinformatics support – ProteoRed
Proteomics Facility, National Center for
Biotechnology, Madrid
Prácticas TPP
• TPP: http://localhost/tpp-bin/tpp_gui.pl
• Usuario: tutorial, password: tutorial
• Datos de entrada:
– Fichero Raw: 220708_EC_JK_iTRAQ_3ug.RAW de Thermo,
LTQ Linear Ion Trap
– Localizado en:
“C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba” 
directorio de trabajo
• Flujos de trabajo:
– SEQUEST
– MASCOT
– Tandem
Flujos de trabajo del TPP con SEQUEST
Sequest.params
RAW
Thermo
mzXML
SEQUEST
.SRF
Bioworks
.Out
interact
pepXML
interact
ProtXML
Protein
Prophet
Peptide
Prophet
pepXML
Prácticas TPP
• SEQUEST (1)
– La búsqueda ya se hizo con sequest en un ordenador con
licencia. Los resultados fueron guardados en el fichero:
JK_itraq_3ug_dedtas.SRF.
– Convertir SRF en Outs:
• Abrir Bioworks Browser. ToolsConvertTurbo Sequest
ResultsCreate DTA and OUT files
• Turbo Sequest Results:
C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\SEQUEST\Dtas_Outs
• SRF file:
C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\SEQUEST\SRFs\
JK_itraq_3ug_dedtas.SRF
Prácticas TPP
• SEQUEST (2)
– Crear pepXML a partir de OUTs:
• En TPP, en el flujo de trabajo de SEQUEST, seleccionar pestaña pepXML
• 1. Directory with .out files to convert to pepXML:
C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\SEQUEST\Dtas_Outs
• 2. (Optional) Specify Sequest Parameters File:
C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\parameters\busqDir.params
• 3. Options: nada
• Click en “Convert to pepXML”
• Se ha creado el fichero “Output_SEQUEST.pep.xml”
• Abrir el visor de pepXML, pinchando en pepXML
Prácticas TPP
• SEQUEST (3)
– Analizar los péptidos con peptideProphet
• En Analysis pipeline (SEQUEST), seleccionar Analyze Peptides
• Select File(s) to Analyze: Output_SEQUEST.pep.xml
• Output File and Filter Options : cambiar el nombre a
sequest.interact.pep.xml
• Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada
• Click en “Run XInteract”
• Se crea el fichero sequest.interact.pep.shtml.
• Verlo con el visor de pepXMLs, clickando en “View”
Prácticas TPP
• SEQUEST (4)
– Analizar las proteínas con proteinProphet
• En Analysis pipeline (SEQUEST), seleccionar Analyze Proteins
• Select File(s) to Analyze: sequest.interact.pep.xml
• Output File and Filter Options : cambiar el nombre a
SEQUEST.interact.prot.xml
• Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada
• Click en “Run XInteract”
• Se crean los ficheros SEQUEST.interact.prot.shtml y
sequest.interact.prot.xml
• Verlo con el visor de protXMLs, clickando en “View”
• Observar la tasa de error en Sensitivity/Error Info
Flujos de trabajo del TPP con MASCOT
RAW
Thermo
.dat
mzXML
mgf
interact
pepXML
interact
ProtXML
Protein
Prophet
MASCOT
Peptide
Prophet
pepXML
• MASCOT (1)
Prácticas TPP
– La búsqueda ya se hizo con MASCOT. Los resultados fueron exportados en
formato pepXML en el fichero: Output_MASCOT.pep.xml
– Crear pepXML a partir de DAT:
• En TPP, en el flujo de trabajo de MASCOT, seleccionar pestaña pepXML
• 1. Files to convert to pepXML:
c:/Inetpub/wwwroot/ISB/data/practica_Cordoba/MASCOT/Output_MASCOT.d
at
• 2. Specify Database Used in MASCOT Search:
c:/Inetpub/wwwroot/ISB/data/dbase/Uniprot_sprot_jul08_HUMAN/Bioinfo_Co
urse_spHUMAN.fasta
• 3. Options: nada
• Click en “Convert to pepXML”
• Se ha creado el fichero “Output_MASCOT.pep.xml”
• Abrir el visor de pepXML, pinchando en pepXML (quizás da error)
Prácticas TPP
• MASCOT (2)
– Analizar los péptidos con peptideProphet
• En Analysis pipeline (MASCOT), seleccionar Analyze Peptides
• Select File(s) to Analyze: Output_MASCOT.pep.xml
• Output File and Filter Options : cambiar el nombre a
mascot.interact.pep.xml
• Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada
• Click en “Run XInteract”
• Se crea el fichero mascot.interact.pep.shtml.
• Verlo con el visor de pepXMLs, clickando en “View”
Prácticas TPP
• MASCOT (3)
– Analizar las proteínas con proteinProphet
• En Analysis pipeline (MASCOT), seleccionar Analyze Proteins
• Select File(s) to Analyze: mascot.interact.pep.xml
• Output File and Filter Options : cambiar el nombre a
mascot.interact.prot.xml
• Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada
• Click en “Run XInteract”
• Se crean los ficheros mascot.interact.prot.shtml y
mascot.interact.prot.xml
• Verlo con el visor de protXMLs, clickando en “View”
• Observar la tasa de error en Sensitivity/Error Info
Flujos de trabajo del TPP con TANDEM
RAW
Thermo
mgf
.xml.tandem
TANDEM
mzXML
interact
pepXML
interact
ProtXML
Protein
Prophet
Peptide
Prophet
pepXML
• TANDEM(1)
Prácticas TPP
– Ahora vamos a hacer la búsqueda en TANDEM a través de
GPM http://localhost/tandem/thegpm_tandem.html
– Buscar en TANDEM con GPM:
http://localhost/tandem/thegpm_tandem.html
• Click en “advanced page”
• 1. spectra: Seleccionar como entrada el fichero:
220708_EC_JK_iTRAQ_3ug.mgf en el directorio MASCOT
• 2. taxon: Selecciona uniprot_sprot (human)
• Add to gpmDB: no
• Fragment error tol: 0.6 Da
• Parent mass error: 1.2 Da
• Refine model: no
• TANDEM(2)
Prácticas TPP
• Missed cleavage sites allowed: 2
• Click en “Find models”
– Exportar la búsqueda:
• Con el botón derecho en XML: guardar enlace como…
• Guardar el fichero en
C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\XTANDEM\Output_T
ANDEM.tandem
• TANDEM(3)
Prácticas TPP
– Crear pepXML a partir de tandem:
• En TPP, en el flujo de trabajo de TANDEM, seleccionar pestaña
pepXML
• 1. Files to convert to pepXML:
c:/Inetpub/wwwroot/ISB/data/practica_Cordoba/XTANDEM/Output_ta
ndem.xml.tandem
• Click en “Convert to pepXML”
• Se ha creado el fichero “Output_tandem.xml.tandem.pep.xml”
• Abrir el visor de pepXML, pinchando en pepXML
Prácticas TPP
• TANDEM (4)
– Analizar los péptidos con peptideProphet
• En Analysis pipeline (TANDEM), seleccionar Analyze Peptides
• Select File(s) to Analyze: Output_TANDEM.xml.tandem.pep.xml
• Output File and Filter Options : cambiar el nombre a
tandem.interact.pep.xml
• Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada
• Click en “Run XInteract”
• Se crea el fichero tandem.interact.pep.shtml.
• Verlo con el visor de pepXMLs, clickando en “View”
Prácticas TPP
• TANDEM (5)
– Analizar las proteínas con proteinProphet
• En Analysis pipeline (TANDEM), seleccionar Analyze Proteins
• Select File(s) to Analyze: tandem.interact.pep.xml
• Output File and Filter Options : cambiar el nombre a
tandem.interact.prot.xml
• Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada
• Click en “Run XInteract”
• Se crean los ficheros tandem.interact.prot.shtml y
tandem.interact.prot.xml
• Verlo con el visor de protXMLs, clickando en “View”
• Observar la tasa de error en Sensitivity/Error Info
Prácticas TPP
• Comparación de resultados en Phenyx
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http://bioinfoinb.cnb.csic.es:8080/pwi
User: tutorial
Password: tutorial
Seleccionar los tres jobs
Action on selected: compare
T P M
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