Recursos para el análisis de secuencias
The Biocatalog
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Recursos para el análisis de secuencias
Puntos a tratar:
El análisis bioinformático
Recursos Bioinformáticos
NAR -> Bases de datos
-> Web Servers
Catálogos de software
Scripts perl, Java.
Módulos para el análisis de secuencias: BioPerl, BioJava,...
Paquetes de software
Plataformas de análisis
GenBank, EMBL-EBI, INB
BioMoby
Proyectos creación estándares de interoperabilidad
Revistas y Sociedades de Bioinformática
Formación y asesoramiento en Bioinformática
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El análisis bioinformático
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Ejemplos de análisis bioinformático
•Análisis de asociación entre SNPs y
enfermedades
•Búsqueda de dianas farmacológicas
•Interpretación de DNA microarrays
•Análisis epidemiológicos y filogenéticos
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Las herramientas bioinformáticas
•Software informático/bioinformático
•Informático: SO linux, Intérprete Perl
•Bioinformático: Aplicación BLAST
•Internet
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Bases de datos
Web Servers
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Directorios de Software en
Biología molecular y genética
Biocatalog
http://www.ebi.ac.uk/biocat/index.
html
DBcat
http://www.infobiogen.fr/services/
dbcat/
Software and
Databases for
Computational
Biology on the
Internet
http://www.cs.jhu.edu/~salzberg/
appendixa.html
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Scripts y módulos de
programación
Ejemplo script perl:
http://ebiointel.uab.es/curso/ejemploperl.txt
Ejemplo módulo análisis perl:
http://ebiointel.uab.es/curso/script/traductor.htm
Archivo secuencia
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Screen scraping
Scripts y módulos de programación
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OPEN BIOINFORMATICS PROJECTS
bioPerl
http://www.bioperl.org/
bioJava.org,
http://biojava.org/
biopython.org,
http://biopython.org/
Biodas.org
(distributed
annotation system)
http://biodas.org/
Otros proyectos: BioRuby, BioPipe, BioSQL
OBDA (Open Biological Database Access ),
BioMOBY (system for interoperability of biological data)
OBO (Ontologías
biológicas)
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Bio* proyectos: tareas básicas
Búsqueda de secuencias por similitud (varios tipos)
Búsqueda de motivos funcionales
SRS (‘Sequence Retrieval System’)
Alineamiento múltiple de secuencias
Mapas de restricción
Predicción de estructuras bi- y tri- dimensionales
Traducción y otros análisis de DNA
Diseño de primers
Análisis de ORFs
Búsqueda de literatura
Análisis filogenéticos
Análisis de proteínas
Ensamblaje de secuencias
Localización de expresión
Miscelánea
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Paquetes comerciales de Software
GCG Wisconsin
Package
http://www.accelrys.com/products
/gcg_wisconsin_package/
DNASTAR
http://www.dnastar.com/
Staden
Package
http://www.mrclmb.cam.ac.uk/pubseq/
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Plataformas de análisis
Arquitectura de una plataforma bioinformática
Clientes
Capa de presentación
Capa de objetos
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Fuentes
de datos
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Plataformas de análisis
CELERA
http://www.celera.com
Grandes
plataformas
públicas
EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Instituto Nacional de Bioinformática
http://www.inab.org/index.htm
EMBOSS
http://www.emboss.org/
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European Molecular Biology
Open Software Suit
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Ejemplo de una plataforma bioinformática: mampol
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El sueño de la integración de la información biológica
http://www.informatics.jax.org/
http://flybase.bio.indiana.edu
http://www.ncbi.nih.gov
ACCESO
INTEGRADO
http://hgvbase.cgb.ki.se/
http://www.expasy.ch/sprot/
http://www.tigr.org/tdb/tgi/
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•Internet y la interoperabilidad de datos
Evolución de Internet
Desarrollos de
estándares en XML
Servicios de
aplicaciones Web
(Visual Studio.Net,
Java JBoss, SAD,
BioMOBY)
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Programación
Java, C#, Visual
Basic, JScript, AJAX,..
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Proyecto:
BioMoby: arquitectura para el descubrimiento
distribuido de métodos y datos biológicos por medio de
servicios web
CORBA: Life Science Research Group of the CORBAoriented Object Management Group
Creación componentes intercambiables y
estándares de interoperabilidad
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Sociedades Bioinformáticas
The International Society for Computational Biology
•EMBNet: European Molecular Biology Network
•EMBL: European Molecular Biology Laboratory
•EBI: European Bioinformatics Institute
•NCBI National Center for Biotechnology Information
•NCGR National Center for Genome Resources
•Laboratory of Molecular Biology: Cambridge, UK
•The Sanger Centre
Otras sociedades
http://www.iscb.org/bioinf.shtml
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Revistas de Bioinformática o relacionadas
Bioinformatics The Official Journal of ISCB;
Comparative and Functional Genomics (Wiley's Genomics web site)
Journal of Computational Biology
Human Molecular Genetics
Molecular Systems Biology
Nucleic Acids Research
OMICS: A Journal of Integrative Biology
Briefings in Bioinformatics and Briefings in Functional Genomics & Proteomics
Bioinform Newsletter
Biotechnology Software & Internet Journal
BMC Bioinformatics
Computers & Chemistry
GenomeBiology
Genome Research
Henry Stewart Publications
The Journal of Commercial Biotechnology
Human Genome News
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
Journal of Biomedical Informatics
Journal of Molecular Biology
Journal of Molecular Modelling
Nature Biotechnology
Nature Genetics
Nature Structural Biology
Nucleic Acids Research
Protein Engineering
Protein Science
Proteins: Structure,
Function,
and Genetics
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Science
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Bibliografía
Más libros sobre bioinformática
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Formación en Bioinformática
Proyecto
EMBER (On
line)
http://www.ember.man.ac.uk/
NCBI Education
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Educ
ation/
Nodo
Formación INB
Training Node Instituto Nacional de
Bioinformática (INB)
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Servicios y asesoramiento en Bioinformática
BIOINFO-UAB:
Plataforma de Recursos i Investigació en
Bioinformàtica de la UAB
Estructura de la Plataforma
Node UAB
Campus UAB
Node
HSCSP
Sant Pau
Campus
Node IHUVH
Vall d’Hebron
Instituts Hospitalaris Adscrits
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Fase 1
Node ISGTP
Can Ruti
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Bases de datos especializadas