Spline cúbico natural (B-spline) usando cuantiles
Se elige un “array blanco”(“array basal”), v
Intensidad blanco:
i: spot, j: array, m: nº de arrays
X puede ser R o G
Se extraen 100 percentilos para cada array (incluso el target), se desestima
el resto de los datos
target
array
Se ajusta una función spline cúbica natural
sj = f(cuantil xj, cuantil v) para cada array j
Definición spline: es una función polinomial fragmentada en intervalos
S: [a,b] → Rd consite en la piezas polinómicas Pi: [ti,ti+1) → Rd
donde a = t0 < t1 < … < tk-1 = b
Spline natural: spline de grado 3 con continuidad C2. “Natural” porque:
En nuestro caso definimos al spline para el intervalo k, array j:
Se puede calcular con R o S-plus. Se minimiza:
(S-plus)
• Selección de un set invariante:
– Se calcula para cada array a los rangos de
intensidad correspondientes al spot i (ria)
– Selección del set invariante:
• PRDi = ( ri1 – ri2 ) / n < 0.003 ó 0.007
– Obtenemos un nuevo set y repetimos
– Paramos cuando no decrece más el tamaño del
set
– Se aplica spline usando como “array basal” al set
invariante
Normalización de escala
Datasets
Inspección visual
Bias global
Bias local
MA plots (lymphoma)
Clasificación k-NN
•Suficientemente sensible para evaluar la pérdida de variabilidad biológica
•Disponible en varios paquetes
•Empíricamente aceptables
•No hace suposiciones sobre la distribución
•Algoritmo sencillo
•Se aplico a TODOS los spots (sin selección)
•Los artefactos son más fáciles de detectar
•Se incluyeron spots de baja intensidad ¡porque son importantes también!
Validación cruzada por
“LOOCV”
Conclusiones
• Métodos simples mejoran los datos
• Métodos dobles mejoran a los simples
• IGLOESS-SLFILTERW7, ISTSPLINE-SLLOESS
y IGLOESS-SLLOESS fueron los mejores
• La elección del mejor método aún depende
mucho del array (artefactos, verdaderas
diferencias biológicas?)
• Normalización de escala no tiene efectos
benéficos
• La normalización tiene un impacto fuerte en
el subsiguiente análisis
Software
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R language
Bioconductor http://www.bioconductor.org
MAANOVA
http://www.jax.org/staff/churchill/labsite/sof
tware/download.html
• tRMA http://www.pi.csiro.au/gena/tRMA
• braju
http://www.maths.lth.se/help/R/aroma
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