La estadística aplicada en el
Programa de Investigación
Epidemológica del Cáncer del
Instituto Catalán de Oncología
Sara Tous Belmonte
Llicenciada en Ciències i Tècniques Estadístiques
(Universitat Politècnica de Catalunya, 2008)
Jornades de Consultoria Estadística i Software II
Centre de Recerca Matemàtica, SEA, UAB
23 de Octubre de 2013
ICO L’Hospitalet. Programa de Investigación Epidemiológica del Càncer
Instituto
ded Oncología
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Índice de la presentación
•
Instituto Catalán de Oncología (ICO)
•
Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer (PREC)
•
El rol del estadístico en el PREC
•
Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC
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Instituto
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Instituto Catalán de Oncología (ICO)
•
El Instituto Catalán de Oncología (ICO) es un centro público y monográfico sobre
cáncer creado en 1995
•
Único en todo el estado, sigue el modelo de los Comprehensive Cancer Centres que
reúnen, en la misma organización, la asistencia, la prevención, la investigación y la
formación especializada
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Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer
(PREC) (I)
•
Objetivo: Investigación de las causas, el diagnóstico precoz y la prevención del
cáncer.
•
Jefe de programa: Francesc Xavier Bosch
•
Líneas de investigación:
– Unidad de Nutrición, Ambiente y Cáncer (UNEC) y Laboratorio UNEC
•
Jefe de unidad: Carlos Alberto González
•
Estudios desarrollados en el marco del Estudio Prospectivo Europeo sobre Dieta, Cáncer y Salud
(EPIC), coordinando, en el ámbito europeo, las líneas de:
–
–
–
Cáncer gástrico
Cáncer esofágico
Exposición al tabaco
•
Estudios de interacción de la dieta, la susceptibilidad genética e infecciones por Helicobacter pylori
en la progresión de lesiones precursoras y en el origen del cáncer gástrico y del cáncer de esófago
•
Estudios sobre la exposición a compuestos cancerígenos de la dieta, marcadores biológicos de
exposición (adductos) y su interacción con genes metabólicos y su relación con el riesgo de cáncer
•
Estudios sobre el riesgo atribuible al tabaco en la incidencia y mortalidad por cáncer en Europa
y su relación con la obesidad
•
Estudios sobre cáncer de páncreas
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Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer
(PREC) (II)
– Unidad de Infecciones y Cáncer (UNIC) y Laboratorio Duran y Reynals de Infecciones y
Cáncer
•
Jefe de unidad: Sílvia de Sanjosé
•
Estudios sobre cáncer y Virus del Papiloma Humano (VPH):
–
Estudios etiológicos sobre los cánceres de cérvix, vulva, vagina, ano, pene, cavidad oral, faringe y laringe
–
–
Estudios sobre verrugas genitales
Estudios de modelización y evaluación económicas de las medidas de
prevención del cáncer de cérvix
Ensayos clínicos de vacunación del VPH
Coordinación del ICO Information Centre on HPV & Cancer
(http://www.hpvcentre.net)
Coordinación del cribado de cáncer de cérvix en la Atención Primaria de Cataluña
–
–
–
•
Linfomas:
–
–
–
Estudios sobre la etiología infecciosa de los linfomas malignos:
Estudios sobre factores de riesgo infecciosos, genéticos y medioambientales
Susceptibilidad genética e interacción gen-ambiente
•
Laboratorio: Diversidad y evolución del virus del papiloma
•
Coordinación del proyecto de formación on-line
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(http://www.e-oncologia.org/web/ico/presentacion)
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Programa de Investigación Epidemiológica del Cáncer
(PREC) (III)
•
Equipo humano formado por 71 profesionales
Estadísticos
14%
Informáticos
7%
Laboratorio
27%
Secretariado
7%
E-oncología
7%
Epidemiólogos
35%
•
Otros
3%
Actividad 2012:
–
–
–
–
–
189 publicaciones en revistas internacionales
132 comunicacions en congresos
6 libros y 3 capítulos de libros editados
13 seminarios realizados
20 doctorandos
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El rol del estadístico en el PREC
•
Implicación global en los estudios nuevos:
–
–
–
–
Solicitud de financiación
Diseño del estudio
Generación de formularios de recogida de datos
Depuración de bases de datos
– Análisis e interpretación de los resultados
– Presentación en congresos
– Publicación de artículos científicos
• Asesoramiento estadístico y/o colaboración en estudios ya iniciados
• Elaboración de cursos de formación en estadística
• Formación contínua
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El rol del estadístico en el PREC. Metodología
estadística y software
•
•
•
Modelos de regresión
– Cálculo del tamaño muestral
– Diseño de formularios de recogida de datos
– Generación y depuración de bases de datos
– (semi)Paramétricos:
Diseño
Análisis descriptivo
–
–
–
–
–
Tablas de contingencia
Medidas de asociación
Comparación de medias y proporciones
Tests no paramétricos
Métodos de clasificación:
• Co-infecciones VPH
• Biomarcadores
– Revisiones sistemáticas
•
• Lineal/Logística/de Cox de efectos fijos
• Modelos de medidas repetidas (efectos
aleatorios)
• Splines
• GAM
• Meta-análisis
Software
– No-paramétricos:
• Bootstrap
•
Otros
– Modelos de coste-efectividad
– Modelos de calibración de
cuestionarios
– Análisis de interacción gen-gen /
gen-huésped
– Ejercicios de simulación
– …
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Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (I)
•
Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia y
distribución de genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y cuello
(RIS HPV TT y HPV VVAPO)
– Muestras patológicas fijadas
– Variables recogidas:
•
•
•
•
País de origen
Año de diagnóstico
Edad al diagnóstico
Diagnóstico histológico
– Variables generadas:
• Información patológica
• Positividad por VPH
• Genotipación del VPH
Reception and verification
Re-embedding
Cutting
Dying
Diagnosis
Cutting sandwich
Diagnosis
Testing and typing
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POLAND
BELARUS
GERMANY
NETHERLANDS
CZECH REPUBLIC
SLOVENIA
CROATIA
BOSNIA-HZ
GREECE
UK
AUSTRIA
FRANCE
SPAIN
USA
IT
PORTUGAL
ALGERIA
MEXICO
GUATEMALA
TURKEY
ISRAEL
LEBANON
KOREA.S
JAPAN
CHINA
BANGLADESH
MALI
TAIWAN
KUWAIT
HONDURAS
SENEGAL
NIGERIA
VENEZUELA
THAILAND
INDIA
PHILIPPINES
UGANDA
COLOMBIA
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ECUADOR
PERU
muestras
BRAZIL
MOZAMBIQUE
AUSTRALIA
PARAGUAY
URUGUAY
ARGENTINA
CHILE
Site of samples:
Cervix
Vulva
Vagina
Penis
Anus
OC/Pharynx/Larynx
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NEW ZEALAND
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Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia
y distribución de genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y
cuello (RIS HPV TT y HPV VVAPO)
Argentina: Estela Irene Albanesi (Ministerio de Salud de la Provincia de Buenos Aires); Virginia Estrada, Sandra Erzi (Hospital San Juan de Dios); Susana Miciquevich (Facultad de
Odontología de la UNLP); Australia: Gerard Vincent Wain, Catherine Jane Kennedy, Yoke-Eng Chiew (Gynaecological Oncology, Westmead Hospital); Raghwa Sharma
(Department of Tissue Pathology and Diagnostic Oncology, University of Sydney and University of Western Sydney Westmead Hospital); Bangladesh: Ashrafun Nessa, AJE Nahar
Rahman, Mohammed Kamal (Bangabandhu Sheikh Mujib Medical University – BSMMU); Faruk Ahmed (Dhaka Medical College Hospital); Belarus: Halina Viarheichyk, Sitnikov
Valeriy (Gomel State Medical University); Achynovich Searhei (Gomel Regional Clinical Oncological Hospital); Bolivia: Pablo Sitic Vargas, Edith Claros (Insituto Oncologico del
Oriente); Bosnia Herzegovina: Ermina Iljazovic (University Clinical Center Tuzla BiH); Chile: Rodrigo Prado, Carla Molina, rosa Muñoz (Centro de Oncología Preventiva, Facultad
Centros
Países
de Medicina,
Universidad de Chile); Ximena Rodriguez, Marisol Guerrero,Virginia Leiva, Elsa Olave, Claudia Ramis, Viviana Toro (Hospital de San José); Colombia: Enrique
Cadena, Raúl Murillo, Gustavo Adolfo Hernández Suárez, Carlos Eduardo Pinzón (Instituto Nacional de Cancerología); Manuel enrique González, Sandra Arauchan (Onmédica
Investigación, Córdoba); Czech Republic: Jan Laco (Faculty Hospital Hradec Kralove); Ecuador: Leopoldo Tinoco (Hospital Oncológico Solca-Quito); Juan Carlos Ruíz Cabezas,
Fernando Camacho, Rina Quinto, Leyda Jaramillo (Solca Laboratory, Guayaquil); France: Valerie Costes, Renaoud Garre, Anne Sophie Ramayl (Hospital Gui de ChauliacDepartment de Pathologie); Massimo Tommasino (International Agency for Research on Cancer); Germany: Michael Pawlita, Dana Holzinger, Gordana Halec (Department Genome
Changes and Carcinogenesis, Heildelberg); Falko Fend, Thorsten Biegner (Institute of Pathology,University Hospital Tuebingen); Guatemala: Hesler Morales Mérdia, Marcos
Mauricio Siliezar Tala (Instituto de Cancerologia Dr. Bernardo del Valle S ); Honduras: Annabelle Ferrera (Escuela de Microbiología, Universidad Nacional Autónoma de Honduras);
Flora Duarte Muñoz, Marco Molinero, Luxely Toledo, Eda Sofía Calix, Nelly Sarai Padilla (Centro de Cáncer Emma Romero Callejas, Tegucigalpa); India: Asha Jain (Cancer
Prevention and Relief Society Raipur); Sushil K Giri (Regional Cancer Center, Cuttack); Maheep Bhalla (JLN Hospital & Research Center,BSP, Bhilai); Bharat Patel (Lab One
Raipur); PSA Sarma (BSP Hospital); Ravi Mehrotra, Mamta Singh (M.L.N Medical College, Allahabad); Neerja Bhatla (Institute of Medical Science New Dehli); Italy: Maria Benevolo,
Renato Covello, Giuseppe Spriano, Amina Vocaturo (Regina Elena Cancer Istitute); Republic of Korea: Hai-Rim Shin, Jin-Kyung Oh (National Cancer Center); Shin Gwang Kang
(Asian Medical Center); Dong-chul Kim (Kangnam St. Mary's Hospital); Mali: Bakarou Kamate, Cathy Ndiaye (Hospital National DU Point G); Mexico: Isabel Alvarado-Cabrero
(Instituto Mexicano del Seguro Social); Marco Antonio Duran Padilla, Patricia Alonso Viveros, Maria Esther Gutiérrez Díaz Ceballos (Hospital General de México, México DF);
Rubén López-Revilla, Claudia Magaña-León (Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica, AC); Cuauhtémoc Oros (Hospital Central Ignacio Morones Prieto, San
Luis Potosí); Nigeria: A.A.F. Banjo, F.B. Abdulkareem, A.O. Daramola, C.C. Anunobi, R.U. Anorlu (Lagos University Teaching Hospital Idi-Araba); Sani Malami, Ali Bala Umar
(Faculty of Medicine, Bayero University); Paraguay: Elena Kasamatsu, Antonio Leoploldo Cubilla, Francisco Perrota (Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud,
Universidad Nacional de Asunción); Philippines: Celia Ladines Llave, Jean Anne Toral (Cervical Cancer Prevention Center, Cancer Institute); Efren Javier Domingo, Jericho
Thaddeus P. Luna, Maria Julieta V. Germar, Arnold M. Fernandez, Carolyn Zalameda Castro, Roslyn Balacuit (University of the Philippine College of Medicine General Hospital);
Poland: Tomasz Szafaroswski (Czerniakowski Hospital); Portugal: Ana Felix, Jorge Manuel Soares (Instituto Portugues de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil); Senegal: Cathy
Ndiaye, Nafissatou Ndiaye Ba, Victorino Mendes (HOGGY stands for Hôpital Général de Grand Yoff ; DANTEC - Hôpital A. Le Dantec; FAC - Faculté de Médecine - Université
Cheikh A. Diop); Slovenia: Mario Poljak, Boštjan J. Kocjan, Nina Gale, Polona J. Maver (Institute of Microbiology and Immunology, Ljubljana); Spain: Belén Lloveras, Gemma
Investigatores
Martín (hospital del Mar); Llúcia Alós (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona); Julio Velasco Alonso, Cristina Pérez (Hospital San Agustín); Maria Alejo (Hospital General de
l’Hospitalet); Xavier Leon, Miquel Quer (Hospital de Sant Pau); Marcial García Rojo, Lucía González López, Matías cuesta Gil (Hospital General Universitario de Ciudad Real); Laia
Alemany, Francesc Xavier Bosch, Ignacio G. Bravo, Vanesa Camón, Xavier Castellsagué, Omar Clavero, Silvia de Sanjosé, Anna Esteban, José M. Godínez, Yolanda Florencia,
Joellen Klaustermeier, Marisa Mena, Nubia Muñoz, Beatriz Quirós, Cristina Rajo, Sara Tous, Marleny Vergara (Institut Català d’Oncologia); The Netherlands: Wim G.V. Quint,
Anco C. Molijn, Daan T. Geraets, Núria Guimerà (DDL Diagnostic Laboratory); Chris J.L.M Meijer (Vrije Universiteit Medical Center); Turkey: Ruacan Arzu (Hacettepe University);
UK: Henry Kitchener (School of Medicine, University of Manchester); Robyn Davies, Godfrey Wilson (Manchester Royal Infirmary); Mehanna Hisham, Davy Rapozo, Whitmore
Shelley, James Sean (UHCW NHS Trust); USA: Marc Wendy Cozen, Marc T. Goodman, Brenda Y. Hernández, Charles Lynch, Daniel B. Olson, Freda R. Selk (Cancer Center,
Hawaii-Iowa); Edyta C. Pirog (New York Hospital - Cornell Medical Centre); Venezuela: Pablo Dabed (Universidad Central de Venezuela)
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Instituto
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Updated: September, 2013
•
Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (I)
•
Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia y distribución de
genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y cuello
(RIS HPV TT y HPV VVAPO)
POLAND
BELARUS
GERMANY
NETHERLANDS
CZECH REPUBLIC
UK
SLOVENIA
AUSTRIA
CROATIA
FRANCE
BOSNIA-HZ
SPAIN
–
–
–
USA
Creación de formularios de recogida de datos
Coordinación del procesamiento de las muestras
Análisis de los controles de calidad entre laboratorios
GREECE
IT
PORTUGAL
KOREA.S
TURKEY
JAPAN
ISRAEL
LEBANON
CHINA
ALGERIA
BANGLADESH
MEXICO
MALI
TAIWAN
KUWAIT
GUATEMALA
THAILAND
HONDURAS
SENEGAL
VENEZUELA
INDIA
NIGERIA
PHILIPPINES
UGANDA
COLOMBIA
ECUADOR
PERU
BRAZIL
MOZAMBIQUE
AUSTRALIA
PARAGUAY
–
Modelos de regresión logística
URUGUAY
ARGENTINA
Site of samples:
CHILE
NEW ZEALAND
Samples received*:
 Cervix- 15,792
 Vulva- 2,543
 Vagina- 780
 Penis- 1,194
 Anus- 726
 OC/Pharynx/Larynx- 2,114
Cervix
Vulva
Vagina
Penis
[*Samples received: include invasive cancer cases, preneoplasic lesions and controls]
Anus
OC/Pharynx/Larynx
Updated: April, 2011
HPV type distribution in 10,575 cervical cancer cases
16
61.1%
+18
9.3%
+45
5.5%
+31
4.5%
+33
4.3%
+52
2.5%
+35
2.0%
+58
1.8%
+39
–
Estimación de la contribución relativa de los genotipos
+59
de VPH según región geográfica, año de diagnóstico, +68 or 73
0
edad de diagnóstico e histología del cáncer
1.5%
+51
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1.5%
1.2%
10
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80
90
1.1%
100 %
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Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (II)
•
Estudio Retrospectivo Internacional para la determinación de la prevalencia y distribución
de genotipos de VPH en cánceres anogenitales y de cabeza y cuello (RIS HPV TT y HPV
VVAPO)
• Imputación de missings:
STATA command: impute depvar indepvars [if] [in] [weight] , generate(newvar1) [options]
• Métodos de clasificación:
GNU R & IGRAPH (http://www.r-project.org/)
• Modelos de efectos aleatorios:
para el estudio de las
co-infecciones por VPH
STATA command: xtmepoisson depvar [fe_equation] || re_equation [|| re_equation ...] [, options]
–
Producción científica:
–
23 artículos publicados. A destacar:
•
•
–
de Sanjosé et al. Lancet Oncology 2010 (cérvix)
de Sanjosé et al. European Journal of Cancer 2013 (vulva)
11 artículos en preparación.
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Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (II)
•
Estudios de comparación de diferentes técnicas de determinación clínica del VPH
– Metodología estadística:
•
•
•
•
Generación del formularios de recogida de datos
Análisis descriptivo
Tablas de contingencia
Medidas de asociación (concordancia, sensibilidad, especificidad, VPP, VPN)
– Producción científica:
• Pérez C et al. 2012 Diagnostic molecular Pathology 2012
• Godínez JM et al. Infectious Agents and Cancer 2011
• Godinez J et al. (en preparación)
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Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (III)
•
Estudio prospectivo de recurrencia/recidiva sobre una cohorte de mujeres con
lesiones cervicales de alto grado tratadas con una conización
– Metodología estadística:
• Modelos de regresión logística
• Análisis de supervivencia y Regresión de Cox
– Producción científica
• Fernández MA et al. (en preparación)
•
Estudio Prospectivo de pacientes con cáncer de Orofaringe (fase de reclutamiento)
•
Estudio retrospectivo de una población australiana con verrugas genitales (N 700)
– Metodología estadística:
• Estimación de la contribución relativa de los genotipos de VPH
• Modelos de regresión logística
• Análisis de correspondencias
– Producción científica:
• Pimenoff VN et al. (en preparación)
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Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC (IV)
• Formación
– 10 cursos en el ámbito de la estadística
– 12 cursos relacionados con la actividad profesional
• Presentaciones congresos
– 32 internacionales
– 4 nacionales
• Publicaciones:
– 15 revistas científicas internacionales
– 1 revista científica nacional
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Mi experiencia de 8 años en el PREC/UNIC.
Conclusiones
• Implicación global en los proyectos
• Conocimiento exhaustivo de los temas de investigación
• Relación estrecha con los investigadores
• Posibilidad de reflexión sobre los análisis a realizar
• Promoción laboral
• Financiación (becas, cursos, congresos, …)
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Agradecimientos
•
•
•
•
•
•
•
•
PREC
Xavier, Silvia, Xavi
Laia Alemany y Bea Quirós
Mireia Díaz
Equipo Tumores viejos
Yolanda Benavente
Ramón Clèries
Esther Roura
• Servei Estadística de l’Autònoma
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¡MUCHAS GRACIAS!
¿Preguntas?
http://ico.gencat.cat
email: [email protected]
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