Dinamica Molecular y
Analisis de Energia Libre
de Interacciones Cathepsin
D-Inhibidor
Resumen
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En este estudio comparamos la
energia libre de enlace calculado y
experimental para un conjunto de
inhibidores de CatD.
Usando la DM basado en el
metodo del solvente continuo (MMPBSA) podemos reproducir la
afinidad de enlace experimental,
con un error promedio de
1kcal/mol.
La conformacion dinamica del
complejo comparada con la
conformacion inicial generada por
construccion combinatoria,
encontramos que el complejo
observado por rayos x esta de
acuerdo con la simulacion DM
Sin embargo la funcion de
acoplamiento basado en
interacciones intermoleculares de
van der walls y electrostaticas
reproducen pobremente la afinidad
de enlace experimental para estos
inhibidores
Introduccion
CatD es una Proteinasa
Lisosomal aspartico .
El diseño de la estructura unido
con la quimica combinatoria
ha sido utilisado para diseñar
inhibidores no peptidos para el
CatD.
Sobre la base de la estructura
cristalina del complejo CatDpepstatin por rayos x se
desarrollo una estructura
basada en el diseño de un
algoritmo ``CombiBuild`` , este
fue usado para buscar la
optima estructura .
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Estos inhibidores diseñados son
capaces de bloquear la
produccion de precursores.
Lo que se quiere hallar es la
afinidad de enlace
Existen varios metodos para
estimar la energia libre de enlace
este incluye la MD basado en
MM-PBSA, LIE, y algunos
metodos empiricos.
Aquí se calcula la energia libre de
enlace usando el metodo de MMPBSA.
Este metodo combina MD con
metodos de solvente explicito,
solvatacion implicita, analisis de
Poisson-Boltzman y calculos de
solvatacion libre no polar.
La energia libre del sistema
macromolecular consiste de
energia potencial mecanica,
energia libre de solvatacion y un
termino de entropia.
 La
energia libre de solvatacion es
compuesto de una porcion polar obtenida
por solucionar la Eq. PB y una
contribucion de solvatacion no polar
asociada a las interacciones de Van Der
Walls entre el complejo y el solvente.
 La entropia del sistema puede ser
estimado por analisis de modos normales
o analisis cuasi-armonico.
Metodos de calculo de ΔGbinding
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