Primer Taller de
MODELADO MOLECULAR
Y
SOFTWARE LIBRE
3-12-2008
Gabinete Informático Edificio Damianovich
FIQ – UNL
Textura del fondo: Papel reciclado.
A cargo de: Dr. Sergio GARAY
Coordinador:
Ing. Victorio Marzocchi
Especialistas, Asesores y Colaboradores:
Ing. Pedro Mancini (Director PACT)
Ing. Horacio Beldoménico (Director LCSA)
Dr. Silvano Sferco (Modelado Molecular)
Ing. Guillermo Courault (Software Libre)
Ing. José Caropresi (Visualización Científica)
Mgs. Alicia Vilchez (Visualización 3D)
Dr. Eduardo Adam (Software Libre)
Dr. Pablo Bolcatto (Modelado Molecular)
Lic. Romina Brasca (Modelado Molecular)
Ing. Miguel D´Amato (Modelado Molecular)
Mgs. Ma. del Carmen Castells (Pedagoga)
Tco. Guillermo Hang (Soporte Informático)
Nicolás Vanzetti (Modelado Molecular)
Rodolfo Leonarduzzi (Modelado Molecular)
Agradecimientos a:
Fernando Chekirdimian (Live CD)
Germán Romani (PIAD-PIAC)
Nicolás Rincón (PIAC)
Marcelo Vega (PIAD)
(FBCB – UNL)
Breve reseña histórica, objetivos y
estado de avance del PI:
“ VISUALIZACIÓN Y MODELADO
MOLECULAR DE MACROPOLÍMEROS
ORGANICOS DE INTERÉS INDUSTRIAL”
Breve reseña histórica... (1)
•
BLOG “VISUALIZACIÓN Y MODELADO MOLECULAR”
http://modeladomolecular.blogspot.com
Repositorio de informes y documentos del Grupo de Trabajo "Escrudiñando el Espacio".
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ENTORNO VIRTUAL UNL “VISUALIZACIÓN Y MODELADO MOLECULAR”
Repositorio del PI
http://entornovirtual.unl.edu.ar/
•
SOFTWARE NÉMESIS: Celulosa “curva” y hemicelulosa acetilada.
•
VISUALIZACIÓN Y ESCALA: El Universo en 40 saltos. Kees Boeke.
http://www.vendian.org/mncharity/cosmicview/
•
LÓGICA DE LA NATURALEZA: La dimensión fractal.
http://www.cienciahoy.org.ar/hoy40/sistv2.htm
http://www.springerlink.com/content/v793552024j24705/
•
PASANTÍAS:
• “Relevamiento de Software para Visualización y Modelado Molecular”.
Pasante: Rodolfo Leonarduzzi. Directores: Ing. Victorio Marzocchi y Mgs. Alicia Vilchez.
• “Relevamiento de Bases de Datos de Imágenes de Moléculas”
Pasante: Nicolás Vanzetti. Directores: Ing. Victorio Marzocchi y Dr. Ignacio Rintoul.
http://cmm.cit.nih.gov/modeling/software.html
Breve reseña histórica... (2)
•
PACT:
•
PI:
“Química Orgánica: Reactividad, Modelado Molecular, Cinética y Mecanismos”
Director Ing. Pedro Mancini.
“Visualización y Modelado Molecular de Macropolímeros Orgánicos de Interés Industrial”
Director Ing. Victorio Marzocchi
• Docencia: TP Química Orgánica
• Servicios: Base datos PCBs, PCDDs PCDFs (LCSA)
• Investigación: Modelado de la pared fibrosa (celulosa, hemicelulosas y lignina).
Criterio: “No hay nada de mayor interés práctico que un buen modelo” (A.L)
Breve reseña histórica... (3)
•
CURSO DE GRADO OPTATIVO-ELECTIVO “MODELADO MOLECULAR”.
Dr. Silvano Sferco y Dr. Sergio Garay. Departamento de Física, FBCB, UNL.
Se dicta hace 5 años. Live CD “Molecular Live”
•
CICLO DE CHARLAS “MODELADO MOLECULAR Y SOFTWARE LIBRE”
http://www.fiq.unl.edu.ar/descargas/modelado_molecular.htm
•
PRIMER TALLER DE “MODELADO MOLECULAR Y SOFTWARE LIBRE”
3-12-2008 Gabinete Informático Edificio Damianovich – FIQ - UNL
VISUALIZACIÓN DE MOLÉCULAS
• MODELO MECÁNICO (1953, Watson y Kirk)
VISUALIZACIÓN DE MOLÉCULAS
• MODELO GRÁFICO EN 3D
– Átomos = Esferas (diámetro y color)
– Coordenadas de centros
• EJEMPLO: Benceno
– Visualización 2D (Excel - Marzocchi)
– Visualización 3D (CAD - Caropresi)
– Visualización 3D (Matlab – Vilchez)
– Visualización 3D (Scilab - Vilchez)
– Visualización 3D (Ubuntu, Octave – Adam)
CONCLUSIONES
• Las nTICs ofrecen múltiples
posibilidades de visualización de
modelos de moléculas.
• Existe gran cantidad de software
libre para Visualización y Modelado
Molecular aplicable en docencia,
gratis y sin limitaciones de uso.
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