Taller de HERBAR para usuarios avanzados
Exportación de datos a GBIF:
- Servicio de alojamiento de datos de la Unidad de Coordinación
- El modelo Darwin Core y su evolución
- Exportar datos desde HERBAR
Silvia Lusa
Unidad de Coordinación GBIF-ES
http://www.gbif.es [email protected]
----------------------------------------------------------Taller de Herbar para usuarios avanzados
28-30 Septiembre 2005
Servicio de Alojamiento.
La Unidad de Coordinación proporciona:
El software necesario (DiGIR) para integrar los datos en la red de GBIF y/o
espacio en disco.
Dos opciones de uso:
a./-Instituciones con servidor de base de datos disponible (Oracle, MS-SQLServer,
MySQL) y que no quieran/puedan instalar, configurar y mantener un servidor DiGIR
 Conexión de nuestro DiGIR a una vista/tabla de su base de datos.
b./-Instituciones sin servidor de base de datos (MS-Access).
 Espacio de disco en nuestros servidores para alojar la/s base/s de datos y
conexión a nuestro DiGIR.
Esta segunda opción, es la utilizada por la mayoría de los proveedores de datos de este
servicio.
Servicio de Alojamiento.
• Para poder utilizar esta infraestructura , los proveedores de datos han de
estar registrados
• La gestión y control de la base de datos, queda en manos del proveedor
de datos.
La/s base/s de datos de cada proveedor tendrá/n entidad por sí misma/s,
esto es, sus registros no serán en ningún caso anexados a otros ni serán
usados para otro fin que el de responder a las peticiones de las consultas de
la red de GBIF.
Servicio de Alojamiento.
Características técnicas del servicio
(caso de uso b.)
•
Formato: la Unidad de Coordinación puede alojar archivos de bases de
datos tanto en MS-Access (extensión de archivo .mdb) como en MySQL
(extensión .frm/.MYD/.MYI).
•
Espacio en disco: cada Proveedor de datos podrá disponer de un directorio
con un espacio máximo de 250 Mb.
El tamaño de una base de datos depende del número de registros, pero a
modo de ejemplo, unos 14.000 registros en MS-Access, ocupan
aproximadamente 8.5 Mb.
•
Estándar de datos utilizado: cada colección constará de una única tabla
formada por los campos definidos según las especificaciones de
DarwinCore versión 2:
Servicio de Alojamiento.
Proceso a llevar a cabo por parte del Proveedor
de Datos
Petición de solicitud de información a la Unidad de Coordinación
http:/www.gbif.es/Servicios.php
Recibo de e-mail con información acerca del servicio
(subject: “Información previa”)
http://www.gbif.es/Alojamiento/
Alta
(aceptación del “Acuerdo de Intercambio de Datos en la Red de GBIF”)
Opción de uso a.
(Institución con servidor de base de datos)
Opción de uso b.
(Institución sin servidor de base de datos)
Servicio de Alojamiento.
Recibo de e-mail con:
(subject: “Solicitud datos de configuración”)
- Preparación de tabla/vista
DarwinCore2.
- Datos de la cuenta para ftp
- Documento con instrucciones de instalación y
configuración del programa cliente de ftp
- Documento (formulario) a rellenar con datos
de configuración necesarios
- Envío a la Unidad de Coordinación
de los datos del servidor
necesarios para su conexión.
-Conexión y configuración de DiGIR
por parte de la Unidad de
Coordinación.
Envio de e-mail a la Unidad de Coordinación con:
- Documento (formulario) completado con los
datos de configuración
- Confirmación de la transferencia de
la base de datos a nuestros servidores
Integración de los datos alojados en el DiGIR de la Unidad de Coordinación
en la red de GBIF
Servicio de Alojamiento.
Servicio de Alojamiento.
Integración de las bases de datos alojadas en la red
GBIF
Darwin Core 2
Para asegurar la interoperabilidad a la hora de consultar diferentes bases de
datos de biodiversidad repartidas por todo el mundo es necesario tener una
especificación para datos de colecciones y observaciones de campo.
•
Darwin Core2 es un estándar utilizado para el intercambio de datos.
•
Esta formado por un conjunto de 48 elementos junto a sus definiciones
•
Utilizado para colecciones y observaciones
•
Permite que los datos sean estructurados como documentos XML y que
éstos puedan ser transmitidos a través de Internet
•
Constituye el formato de intercambio utilizado por DiGIR
•
Esquema: http://digir.net/schema/conceptual/darwin/2003/1.0/darwin2.xsd
•
Versión no oficial en castellano.
Darwin Core 2
DateLastModified *
InstitutionCode *
CollectionCode *
CatalogNumber *
ScientificName *
BasisOfRecord
Kingdom
Phylum
Class
Order
Family
Genus
Species
Subspecies
ScientificNameAuthor
IdentifiedBy
YearIdentified
MonthIdentified
DayIdentified
TypeStatus
CollectorNumber
FieldNumber
Collector
YearCollected
MonthCollected
DayCollected
JulianDay
TimeOfDay
ContinentOcean
Country
StateProvince
County
Locality
Longitude
Latitude
CoordinatePrecision
BoundingBox
MinimumElevation
MaximumElevation
MinimumDepth
MaximumDepth
Sex
PreparationType
IndividualCount
PreviousCatalogNumber
RelationshipType
RelatedCatalogItem
Notes
* Indica los campos obligatorios.
DateLastModified : Fecha y hora de la última modificación del registro según la norma ISO 8601.
Va a ser el dato utilizado por el motor de indexación del portal internacional. Cad vez que el portal indexa,
se comprueba para cada registro si este dato ha sido modificado, en caso afirmativo lo reindexa de nuevo.
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